Анна Паневина. Свободно циркулирующая ДНК крови как биомаркер метастазирования.

Свободно циркулирующая ДНК крови как биомаркер метастазирования.

1,2 Паневина А.В., 1,2 Горбачева Т.М., 1,2 Башмаков В.Ю., 1,2 Солодских С.А., 3 Ащеулов А.Ю., 2 Михайлов А.А., 2 Мошуров И.П., 1 Маслов А.Ю., 1 Попов В.Н.
1 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Воронежский государственный университет»
2 Бюджетное учреждение здравоохранения Воронежской области «Воронежский областной клинический онкологический диспансер»
3 Автономная некоммерческая организация «Научно – исследовательский институт постгеномных технологий»

Цель
Целью выполнения исследования является разработка методических подходов для персонифицированной ранней диагностики образования метастазов первичной опухоли и создание технологии производства индивидуального диагностического теста для максимально доступного, экономически приемлемого и неинвазивного мониторинга развития метастазов опухоли на основе анализа неклеточной свободно циркулирующей ДНК крови пациента.

Материалы и методы
Объектами исследования являлись 4 пациента Воронежского областного клинического онкологического диспансера в возрасте от 50 до 75 лет с гистологически подтвержденным светлоклеточным ПКР.
гДНК и сцДНК выделялась из биоматериала (ткань почки и кровь) при помощи наборов реагентов Zymo Research QuickgDNA MiniPrep и QIAamp Circulating Nucleic Acid, соответственно. Для секвенирования исходного образца (опухоли) использован секвенатор производства фирмы Life Technologies (США) Ion Torrent PGM и набор праймеров Comprehensive Cancer Panel для целевого ресеквенирования кодирующих последовательностей (экзонов) наиболее значимых онкогенов и первичного анализа генетического материала опухоли. Последовательности ДНК из опухолевого образца почки сравнивались с ДНК из здоровой ткани для установления индивидуального профиля соматических перестроек, характерных только для данного пациента и данной опухоли. Далее нами разрабатывался персонифицированный набор праймеров для проведения количественной полимеразной цепной реакции для определения концентрации опухолевой ДНК, т.е. фрагментов ДНК, несущих характеристические мутации в неклеточной свободно циркулирующей ДНК крови. При помощи аллель-специфической-ПЦР оценивалась мутационная нагрузка и вероятность наличия метастазов.

Результаты
Разработаны методика определения мутаций ДНК как биомаркеров для систематического мониторинга сцДНК пациента с целью ранней диагностики метастазирования и/или рецидива опухоли, методика дизайна комплекта ПЦР праймеров, проведены испытания экспериментальных образцов набора реагентов для персонифицированной диагностики, разработан программный комплекс анализа результатов секвенирования ДНК и дизайна праймеров.

Заключение
Послеоперационный мониторинг производится с помощью методик, не позволяющих своевременно выявить начало метастазирования. Предлагаемая методика анализа позволит резко снизить смертность от метастазов среди больных, прошедших курс лечения, и продолжающих отслеживать состояние заболевания после операции.
Данные, полученные в результате исследования, позволяют сделать вывод о Исследование поддержано грантом Министерства образования и науки Российской Федерации № 14.547.21.0027 (уникальный идентификатор проекта RFMEFI57414X0027).

Год события: 
2015

место проведения

Воронежский государственный университет, Университетская площадь, 1

Воронежский Государственный Медицинский Университет им. Н.Н. Бурденко, Студенческая ул., 10